Η εφαρμογή του Συστήματος «Διοίκηση μέσω Στόχων» είναι μία συνεχής και αδιάλειπτη διαδικασία, με σκοπό την εύρυθμη λειτουργία των Οργανώσεων του Δημοσίου, την ενίσχυση της αποτελεσματικότητας της αποδοτικότητάς του και τη συνεχή βελτίωση των παρεχόμενων υπηρεσιών προς τους πολίτες. Επικεντρώνεται στην αξιολόγηση των υπηρεσιών αναφορικά με την αποτελεσματική εξυπηρέτηση του πολίτη, την ενίσχυση της διαφάνειας, την αξιοποίηση όλων των διαθέσιμων πόρων, καθώς και την καλλιέργεια κλίματος εμπιστοσύνης των πολίτων στη δημόσια διοίκηση.
Με βάση τις διατάξεις του Ν.4369/2016 & του Ν.3230/2004 καταρτίστηκαν πρώτη φορά τόσο οι στρατηγικοί όσο και οι επιχειρησιακοί στόχοι των οργανικών μονάδων της Περιφέρειας Κρήτης για το έτος 2022 με τη συμμετοχή όλων των ιεραρχικών επιπέδων διοίκηση καθώς και των υπαλλήλων, στις διαδικασίες καθορισμού, παρακολούθησης και αξιολόγησης της στοχοθεσίας.
Η κεντρική διοίκησή με το ισχύον θεσμικό πλαίσιο, Ν.4940/2022, έρχεται να ενισχύσει το ρόλο της εφαρμογής του συστήματος «Διοίκησης Μέσω Στόχων» συνδέοντας άμεσα τη στοχοθεσία με την αξιολόγηση των υπαλλήλων δίνοντας επιπλέον κίνητρα για την υιοθέτηση αποτελεσματικότερης διοίκησης. Στο άρθρο 9 του παραπάνω νόμου ορίζεται η διαδικασία καθορισμού και αναθεώρησης στόχων.